まとめると、
(1) 多賀線の増発（１時間あたり ２〜４本運転）・全列車２連での運転に
(2) 彦根・米原−多賀大社前 直通列車の運転（下り５本/上り２本）
(3) 米原−彦根間 １時間２本運転に
(4) 彦根−八日市間 13時台も１時間あたり２本運転に
(5) 快速の高宮臨時停車

です。
また、年越し参り臨時列車も運転された模様です。

　高宮に臨時停車する快速列車　　　　'06.1.3

というわけで、臨時列車を抜き出してみました。（時刻は始発駅の時刻）

米原→多賀大社前　11:56
彦根→多賀大社前　 9:02 , 9:57 , 10:58 , 14:56

米原→八日市　13:39
彦根→八日市　13:08（12:56米原発彦根行きを延長運転）

彦根始発 八日市方面行を、米原始発に変更　米原発 12:31 , 14:39

高宮→多賀大社前　12:35 , 13:20 , 14:20 , 15:20

【上り】

多賀大社前→彦根　13:03 , 16:20

八日市→米原　13:57 , 15:06

高宮→米原　11:26

多賀大社前→高宮　10:28 , 11:28 , 12:20 , 13:28 , 14:12 , 15:25

快速の高宮臨時停車（高宮12:27発）

【年越し参り臨時列車】

彦根→多賀大社前　23:24 , 23:47 , 0:14 , 0:37 , 1:31

高宮→多賀大社前　22:32 , 22:54 , 1:02

八日市→彦根　23:09(*) , 0:38 
日野→彦根　23:08(*)             (*)高宮から先の時刻は不明。高宮止の可能性あり

多賀大社前→彦根　23:43 , 0:10 , 0:33 , 1:13 , 1:49

多賀大社前→高宮　22:23 , 0:54

彦根→八日市（高宮発の時刻）0:38 , 1:56　＜彦根−高宮の時刻は不明。高宮発の可能性あり＞
彦根→日野（高宮発の時刻） 1:18　＜彦根−高宮の時刻は不明。高宮発の可能性あり＞

近江八幡→八日市　1:22 , 2:02

八日市→近江八幡　1:01 , 1:42

　以上　主要駅で配布されていた時刻表より